La serie está ambientada en España, alrededor del año 1660, durante el reinado de Felipe IV. Éste, según la ficción, había tenido a los dos protagonistas (Gonzalo de Montalvo y Hernán Mejías) como hijos de una mujer a la que sedujo, Laura de Montignac. Otra cosa que se representa en la historia es la vida del médico y noble Juan de Calatrava, duque de Velasco y Fonseca, Grande de España. Apenas se había descubierto la rotación de la Tierra y la circulación sanguínea, y la Ciencia ya era admitida por la Iglesia Católica. El lugar de ambientación es la Villa de Madrid.
- Primera temporada: Gonzalo de Montalvo, maestro de escuela, se transforma en el personaje denominado "Águila Roja" para descubrir quién mató a su esposa Cristina y vengar su muerte, lo que implica desbaratar las conspiraciones contra la corona de los Austrias por parte de una sociedad secreta, La Logia, a la que pertenecen Hernán Mejías (El Comisario de la Villa) y Lucrecia, marquesa de Santillana. Para ello contará con la ayuda de Saturno, su fiel criado (a quién sacó de la prisión de la Villa), y de Agustín, un misterioso fraile que lleva cuidando de él desde la "supuesta" muerte de sus padres.
- "Águila Roja" va enmascarado y usa diversas armas: principalmente un ninjatō pero también unos shuriken, yumi y flechas y unas ballestas. Nunca usa armas de fuego. Al final de esta temporada, Águila Roja descubre que el asesino de su mujer es El Comisario. Éstos se baten a muerte y es Águila Roja quién consigue desarmar y dejar inconsciente al Comisario. Cuando le va a asestar el golpe mortal a Hernán, aparece Agustín, diciéndole que El Comisario es su hermano. Ante ese panorama, Águila Roja envaina la espada, siendo incapaz de matarlo.
- Segunda temporada: Ante la profunda revelación que Agustín le hace a Gonzalo, diciéndole que El Comisario es su hermano, Águila Roja indagará sobre su pasado valiéndose de la ayuda de su fiel criado y escudero Saturno (quien es ya prácticamente de la familia), sin descuidar sus obligaciones de padre y de defensor del pueblo. Crea un mapa en el que escribe los nombres de sus familiares. Para su alegría, el esquema de su familia poco a poco empieza a completarse.
- Tercera temporada: Águila Roja seguirá adelante con sus investigaciones para averiguar sus orígenes con la ayuda de Saturno, quien le convence para que siga indagando cuando Gonzalo está a punto de rendirse en la búsqueda de su pasado. Mientras , Hernán se casará con Irene, que, a pesar de no saberlo, es su hermana. De hecho, sólo el espectador sabe que Irene es la hermana de Gonzalo y Hernán. Ella, por tanto, tampoco sabe nada, y se considera sobrina del Cardenal Mendoza. Mientras tanto, Lucrecia verá en peligro su vida, y encima, perderá a su hijo Nuño y su palacio, que posteriormente recuperará. Por otra parte, se muestra el lado más humano de Lucrecia y Hernán.
- Cuarta temporada: Comienza a organizarse la boda de Juan y Eugenia con Margarita ajena al enlace. Mariana consigue escapar de donde la tenían retenida y pasa a vivir con Gonzalo, ante la incredulidad de Alonso y Margarita, quienes piensan que ha olvidado a Cristina, su fallecida mujer. Alonso empieza por esto a revelarse contra la autoridad de su padre, pero éste se mantiene callado al no poder revelar su identidad. En una casualidad, Saturno recibe la noticia de que es hijo de un duque, pero finalmente resulta que es hijo de uno de sus criados. El Cardenal Mendoza intenta por todos los medios ser el siguiente Sumo Pontífice. También se desvelará al espectador parte del pasado de Gonzalo, cuando conoció a un famoso pirata, al aparecer las figuras de Mariana y Richard Blake. Por otro lado, el Cardenal Mendoza empezará también la búsqueda de El Santo Grial. Esta temporada finaliza con un comisario que ha perdido la vista y con la sustitución de dicho cargo, que muere por una pantera
En un primer momento, la quinta temporada acabaría hoy, 17 de octubre. Finalmente, se emitirán otros 5 capítulos.
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| Sátur |
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| Gonzalo |
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| Nuño |
